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植化流程图生成脚本

［总点击：821次］
2009年9月9日

RT
做植化的同学写报告的时候常常要画分离的流程图，以往大家都是拖啊拖啊的，看起来就恼火，于是就写了这样一个脚本（以后我也要画这种东西嘛），可以将简单的描述语言直接生成流程图，比如，如下的语言就可以生成如下的图：

a#草药样品
b#粗分浸膏
a#$甲醇提取=>b#
c1#正丁醇相
c2#石油醚相
c3#…
c4#水相
b#^$有机溶剂萃取
b#=>c1#
b#=>c2#
b#=>c3#
b#=>c4#
c2#^$继续柱层析分离
c2#=>d1#成分五
c2#=>d2#成分六

生成的流程图

该描述语言语法非常简单：
#前面是 node 的名字，$后面是描述，=> 将两个 node 连接起来，在其中画箭头，可以连续连接 比如 a# => b# => c# 也是可以的，node 后面 => 前面的 $xxx 是线上的注释，如果某一个点要往下分支的话只需用 node#^ 即可，node#^ 后面可以直接加注释，很简单的，看上面那个例子结合图片就可以搞明白了。

运行该脚本需要 python-yapgvb，此脚本受弯弯同学脚本的启发并参考了部分代码（http://python.ubuntu.org.cn/viewtopic.php?f=162&t=180285&sid=e2ae53902848adb1d59c375bf2325043）

使用方法：

python liuchengtu.py -o xxx.png deffile

还有很多个性化选项，请参考源码。

源码如下：

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#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
 
# Author: xioooli<at>yahoo.com.cn,joolix.com
# Licence GPLv2
# Version 2009.09.09
 
import sys
import yapgvb
import optparse
 
FORMATS = {"png" : yapgvb.formats.png,
        "jpg" : yapgvb.formats.jpg,
        "gif" : yapgvb.formats.gif}
ENGINES = {"dot" : yapgvb.engines.dot,
        "neato" : yapgvb.engines.neato,
        "circo" : yapgvb.engines.circo,
        "twopi" : yapgvb.engines.twopi}
 
if __name__ == '__main__':
#    args = sys.argv
#    if len(args) < 2:
#        print "Usage: python state_machine.py <def file>"
#        sys.exit(0)
 
    parser = optparse.OptionParser()
    parser.add_option("-f", "--format", dest="format",
            help="store the flow chart in FORMAT (png, svg, jpg, gif)",
            metavar="FORMAT", default="png")
    parser.add_option("-o", "--output", dest="output",
            help="save the flow chart to FILE",
            metavar="FILE")
    parser.add_option("-e", "--engine", dest="engine",
            help="the layout ENGINE to use for the flow chart (dot, neato, circo, twopi)",
            metavar="ENGINE", default="dot")
    parser.add_option("-c", "--color", dest="fillcolor",
            help="the fillcolor of the node",
            default="white")
    parser.add_option("--fs", "--font-size", dest="fontsize",
            help="the font size of the text",
            default="12")
    parser.add_option("--nfc", "--node-font-color", dest="nodefontcolor",
            help="the fillcolor of the font in node",
            default="black")
    parser.add_option("--nc", "--node-color", dest="nodecolor",
            help="the color of the node frame",
            default="black")
    parser.add_option("--ec", "--edge-color", dest="edgecolor",
            help="the color of the edge",
            default="black")
    parser.add_option("--efc", "--edge-font-color", dest="edgefontcolor",
            help="the font color of the edge text",
            default="black")
    parser.add_option("-s", "--style", dest="style",
            help="the style of the node",
            default="filled")
    parser.add_option("--ah", "--arrowhead", dest="arrowhead",
            help="the style of the arrowhead",
            default="normal")
    parser.add_option("--as", "--arrowsize", dest="arrowsize",
            help="the size of the arrow",
            default=1)
    parser.add_option("--ns", "--nodesep", dest="nodesep",
            help="the sepration between two nodes",
            default=.5)
    parser.add_option("--sp", "--shape", dest="shape",
            help="the shape of the node",
            default="box")
 
    options, args = parser.parse_args()
    if len(args) < 1:
        parser.print_usage()
        sys.exit(0)
 
    graph = yapgvb.Graph("States")
    graph.rankdir="TB"
    graph.nodesep=options.nodesep
    node_dict = {}
 
    with open(args[0]) as def_file:
        lines = [l.strip() for l in def_file.readlines()]
        for line in lines:
            nodes = line.split("=>")
            prev_node = None
            for node in nodes[::-1]:
                label = node.strip().split("#")
                if not node_dict.has_key(label[0]) and label[0] != "":
                    try:
                        lb=label[1].split("$")[0]
                    except:
                        lb=""
                    node_in_graph = graph.add_node(label=lb,
                            shape=options.shape, fillcolor=options.fillcolor,
                            fontcolor=options.nodefontcolor, fontsize=options.fontsize,
                            style=options.style, color=options.nodecolor, width=0.5)
                    node_dict[label[0]] = node_in_graph
                elif label[0] != "":
                    node_in_graph = node_dict[label[0]]
 
                try:
                       blanknode = node.strip().split("#^")
                       if len(blanknode) >= 2:
                           blanknode = blanknode[0]
                       else:
                           blanknode = ""
                except:
                       blanknode = ""
                if node_dict.has_key(blanknode) and blanknode != "":
                    node_dict[blanknode + "_0"] = node_dict[blanknode]
                    node_in_graph = graph.add_node(label="",     
                            shape="circle", fillcolor=options.edgecolor,
                            color=options.edgecolor, style="filled", height=.05, width=.05)
                    node_dict[blanknode] = node_in_graph
                    edge = node_dict[blanknode + "_0"] - node_dict[blanknode]
                    edge.color=options.edgecolor
                    try:
                        edge.label=" "+node.strip().split("$")[1]
                        edge.fontcolor=options.edgefontcolor
                        edge.fontsize=options.fontsize
                    except:
                        pass
 
                if prev_node:
                    edge = node_in_graph - prev_node
                    edge.color=options.edgecolor
                    edge.arrowhead = options.arrowhead
                    edge.arrowsize = options.arrowsize
                    try:
                        edge.label=" "+node.strip().split("$")[1]
                        edge.fontcolor=options.edgefontcolor
                        edge.fontsize=options.fontsize
                    except:
                        pass
 
                prev_node = node_in_graph
 
    graph.layout(ENGINES[options.engine])
    format = FORMATS[options.format]
    if options.output:
        out_file = options.output
    else:
        out_file = args[0] + "." + format
 
    graph.render(out_file, format)

Chemistry, Script , , ,

  1. roylez
    2009年9月10日20:16 | #1
    回复 | 引用

    我一般是直接写dot文件调用graphviz

  2. xiooli
    2009年9月10日23:20 | #2
    回复 | 引用

    我也发现 graphviz 的 dot 语法很强大哦，不过简单的画个流程图就用这个了，毕竟这个比较方便的处理了分叉的问题，而这个又是植化流程图中必须的，用 graphviz 的话还要自己多画一个节点，倒是也可以用 shell 处理 dot 文件， 当学 python 啦。

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